首先我们得知道一个事实 ：那就是以微生物菌剂为代表的微生物肥料被列入国家“十三五”生物产业发展重点产品。在国家宏观层面如“减肥药”、“化肥零增长”、“农业可持续发展”和“生态农业”等国家需求点层面，都离不开微生物产业的发展，可以说市场发展前景十分的看好。但微生物菌剂农业产品因为植物根系分泌物等还需要进一步研究，以避免因为用微生物菌制剂出现这样或那样的事情而给农户带来不必要的损失。
因此我们大致可以这样的认为：随着国内农业种植结构不断调整变化，消费群体在变化，消费者越来越重视农产品质量和安全，所以以后绿色农业、生态农业、有机农业越来越受市场欢迎，这是个趋势。这中间既要发展现代高效环保农业，还要保障，因些需要加大微生物菌剂在增产提质、改良修复土壤、降低环境污染，保持现正农业高效中可持续发展，发挥出其巨大价值和贡献，这将是一块巨大的有潜力的市场。
化学和生物其实可以很好的配合，但是我们必须要掌握规律，懂得怎么用，怎么样降低成本，保护生态环境，怎么样才能把它作为最好的产品提供给养殖、种植，如何让它们健康的长起来。微生物菌剂应用技术在当前的环境下而言，仍然需要我们继续研究。因为不同区域适应的微生物群种是不一样的，而现在我们的产品产业化中是做不到这样的。
分析趋势，挖掘、筛选、拓展新的功能性菌种，选育具有作物亲和性、地域性、针对性、适应性、生产性优良的菌种，实现应用效果的稳定。重视菌种资源多功能性研究与高含量菌剂的开发，菌种的良好抗逆性是实现功能性微生物菌剂成功产业化的关键因素。 要长远发展，必须创新求发展，由单一菌种单一功能向复合微生物菌群多功能性方向发展，由阶段性向全生育期应用转变。这将仍然是我们前进的方向！
